COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 14.712068 14.712068 18.364581
2021-01-19 17:00:00 14.603303 14.603303 19.096359
2021-01-18 17:00:00 18.053680 18.053680 19.964951
2021-01-17 17:00:00 18.835488 18.835488 20.843515
2021-01-16 17:00:00 19.196140 19.196140 21.761466
2021-01-15 17:00:00 19.961674 19.961674 22.726767
2021-01-14 17:00:00 25.138842 25.138842 23.821091

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 4.390935 17.169231 13.728875
2021-01-19 17:00:00 6.468231 6.468231 14.216939
2021-01-18 17:00:00 1.353745 6.963879 14.781006
2021-01-17 17:00:00 17.723881 17.723881 15.697381
2021-01-16 17:00:00 11.936663 11.936663 16.190611
2021-01-15 17:00:00 16.382253 16.382253 16.912638
2021-01-14 17:00:00 21.035333 21.035333 17.832103

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 15.200000 15.200000 19.969217
2021-01-19 17:00:00 18.126888 18.126888 19.368989
2021-01-18 17:00:00 21.212121 22.455090 20.050685
2021-01-17 17:00:00 18.421053 18.421053 20.289243
2021-01-16 17:00:00 28.712871 28.712871 21.151559
2021-01-15 17:00:00 19.306931 19.306931 22.218852
2021-01-14 17:00:00 26.706231 26.706231 22.558877

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 12.848933 12.848933 13.932907
2021-01-19 17:00:00 8.925234 13.364486 13.623930
2021-01-18 17:00:00 16.699282 16.699282 13.676489
2021-01-17 17:00:00 17.790167 17.790167 13.673161
2021-01-16 17:00:00 10.966543 10.966543 13.647573
2021-01-15 17:00:00 17.739816 17.739816 13.674673
2021-01-14 17:00:00 13.283790 13.283790 13.873861

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 10.223912 10.223912 11.286705
2021-01-19 17:00:00 12.445039 12.445039 11.445180
2021-01-18 17:00:00 15.616798 15.616798 11.697733
2021-01-17 17:00:00 8.621126 8.621126 11.833528
2021-01-16 17:00:00 9.821274 9.821274 12.214476
2021-01-15 17:00:00 12.772101 12.772101 12.609340
2021-01-14 17:00:00 14.829246 14.829246 12.969902

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 23.705959 23.705959 29.164708
2021-01-19 17:00:00 26.969223 22.735268 30.157776
2021-01-18 17:00:00 44.483025 25.500387 31.269340
2021-01-17 17:00:00 31.526986 31.526986 32.065253
2021-01-16 17:00:00 36.807388 36.807388 32.974266
2021-01-15 17:00:00 39.911012 39.911012 34.300150
2021-01-14 17:00:00 32.070279 32.070279 35.784109

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 9.986625 25.013959 22.100718
2021-01-19 17:00:00 11.078575 11.078575 23.020603
2021-01-18 17:00:00 17.465753 17.465753 23.912094
2021-01-17 17:00:00 18.527430 18.527430 25.055294
2021-01-16 17:00:00 27.069073 27.069073 26.675623
2021-01-15 17:00:00 24.979614 24.979614 28.111097
2021-01-14 17:00:00 37.285780 37.285780 29.513473

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 7.855040 7.855040 13.134680
2021-01-19 17:00:00 7.267442 7.267442 14.081791
2021-01-18 17:00:00 12.214596 17.950693 15.017282
2021-01-17 17:00:00 13.104902 13.104902 16.260568
2021-01-16 17:00:00 8.486694 18.170222 17.444878
2021-01-15 17:00:00 8.604938 19.994263 18.824033
2021-01-14 17:00:00 26.047045 26.047045 20.247793

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 11.150235 11.150235 15.579418
2021-01-19 17:00:00 7.316314 15.151515 15.919456
2021-01-18 17:00:00 23.974476 23.974476 16.414719
2021-01-17 17:00:00 14.700193 14.700193 17.292570
2021-01-16 17:00:00 13.999128 13.999128 18.525411
2021-01-15 17:00:00 11.498416 11.498416 19.543634
2021-01-14 17:00:00 24.408784 24.408784 20.583440

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 20.745328 20.745328 21.215017
2021-01-19 17:00:00 20.217391 10.752688 21.494910
2021-01-18 17:00:00 22.825878 22.825878 22.001905
2021-01-17 17:00:00 22.251527 22.251527 22.960566
2021-01-16 17:00:00 24.673373 24.673373 23.737285
2021-01-15 17:00:00 24.066798 24.066798 24.451306
2021-01-14 17:00:00 26.866757 26.866757 25.462179

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 8.552092 8.552092 11.392317
2021-01-19 17:00:00 14.469972 14.469972 11.605150
2021-01-18 17:00:00 10.797799 11.295637 11.551277
2021-01-17 17:00:00 10.610080 10.610080 11.913472
2021-01-16 17:00:00 11.150491 11.150491 12.256131
2021-01-15 17:00:00 16.050013 16.050013 12.513579
2021-01-14 17:00:00 11.289603 11.289603 12.771333

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 6.345476 6.345476 9.248980
2021-01-19 17:00:00 4.972376 4.972376 9.381681
2021-01-18 17:00:00 11.036789 11.036789 9.540576
2021-01-17 17:00:00 11.494253 11.494253 9.856181
2021-01-16 17:00:00 10.598111 10.598111 9.887381
2021-01-15 17:00:00 6.500000 6.500000 10.056790
2021-01-14 17:00:00 12.692764 12.692764 10.080727

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 71.707317 71.707317 63.856199
2021-01-19 17:00:00 137.539432 137.539432 61.272052
2021-01-18 17:00:00 40.243902 40.243902 59.245406
2021-01-17 17:00:00 37.884379 37.884379 57.814214
2021-01-16 17:00:00 81.178396 81.178396 56.024164
2021-01-15 17:00:00 76.334776 76.334776 54.221564
2021-01-14 17:00:00 35.582822 35.582822 52.582526

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 85.802469 85.802469 NaN
2021-01-19 17:00:00 22.448980 47.666667 NaN
2021-01-18 17:00:00 28.717949 28.717949 NaN
2021-01-17 17:00:00 45.608108 45.608108 NaN
2021-01-16 17:00:00 68.131868 68.131868 59.686547
2021-01-15 17:00:00 120.666667 120.666667 58.463330
2021-01-14 17:00:00 66.341463 66.341463 56.641567

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 15.760728 15.760728 19.782513
2021-01-19 17:00:00 12.346956 12.346956 20.734710
2021-01-18 17:00:00 18.354430 18.354430 21.596089
2021-01-17 17:00:00 22.540984 22.540984 22.598594
2021-01-16 17:00:00 15.348837 32.800124 23.295098
2021-01-15 17:00:00 17.973586 17.973586 24.060971
2021-01-14 17:00:00 29.179435 29.179435 25.202299

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 27.995169 27.995169 28.380363
2021-01-19 17:00:00 16.585366 20.511583 28.550817
2021-01-18 17:00:00 19.572608 26.617576 28.423858
2021-01-17 17:00:00 66.229030 66.229030 29.146960
2021-01-16 17:00:00 28.794872 28.794872 29.604149
2021-01-15 17:00:00 23.067332 23.067332 29.704755
2021-01-14 17:00:00 36.776062 36.776062 29.762698

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 6.670784 6.670784 8.713913
2021-01-19 17:00:00 4.885701 4.885701 8.996443
2021-01-18 17:00:00 10.044313 10.044313 9.299479
2021-01-17 17:00:00 6.934432 6.934432 9.669380
2021-01-16 17:00:00 11.878631 11.878631 9.961731
2021-01-15 17:00:00 14.631401 14.631401 10.171666
2021-01-14 17:00:00 10.895404 10.895404 10.635056

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 24.229578 24.229578 27.023657
2021-01-19 17:00:00 27.336332 27.336332 27.393252
2021-01-18 17:00:00 25.437898 20.708094 27.515763
2021-01-17 17:00:00 26.384305 26.384305 27.719096
2021-01-16 17:00:00 31.465378 31.465378 27.939065
2021-01-15 17:00:00 30.794807 30.794807 28.133242
2021-01-14 17:00:00 28.981683 28.981683 28.282078

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 8.234201 8.234201 10.246362
2021-01-19 17:00:00 5.736729 10.092835 10.403283
2021-01-18 17:00:00 13.013957 13.013957 10.747588
2021-01-17 17:00:00 8.414508 8.414508 10.949050
2021-01-16 17:00:00 8.697387 8.697387 11.288379
2021-01-15 17:00:00 15.743029 15.743029 11.662076
2021-01-14 17:00:00 11.468758 11.468758 12.272536

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 21.776730 21.776730 20.176767
2021-01-19 17:00:00 18.277823 18.277823 19.927249
2021-01-18 17:00:00 43.119266 19.454383 19.143895
2021-01-17 17:00:00 15.470172 15.470172 19.471380
2021-01-16 17:00:00 21.384206 21.384206 19.617776
2021-01-15 17:00:00 23.819302 23.819302 19.530178
2021-01-14 17:00:00 18.935978 18.935978 18.984423

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 13.861386 13.861386 21.690976
2021-01-19 17:00:00 36.170213 19.148936 21.492012
2021-01-18 17:00:00 15.942029 15.942029 22.104990
2021-01-17 17:00:00 34.615385 34.615385 22.714710
2021-01-16 17:00:00 46.511628 46.511628 22.706638
2021-01-15 17:00:00 28.985507 28.985507 23.085179
2021-01-14 17:00:00 16.666667 16.666667 23.848416

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-20 17:00:00 37.729039 37.729039 43.930131
2021-01-19 17:00:00 31.162488 31.162488 44.858174
2021-01-18 17:00:00 54.714912 54.714912 45.955761
2021-01-17 17:00:00 57.715008 57.715008 46.999718
2021-01-16 17:00:00 59.944065 59.944065 49.129888
2021-01-15 17:00:00 26.688103 26.688103 51.308990
2021-01-14 17:00:00 47.955648 47.955648 53.502099

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.390935 17.169231 13.728875
Basilicata 15.200000 15.200000 19.969217
Calabria 12.848933 12.848933 13.932907
Campania 10.223912 10.223912 11.286705
Emilia-Romagna 23.705959 23.705959 29.164708
Friuli Venezia Giulia 9.986625 25.013959 22.100718
Lazio 7.855040 7.855040 13.134680
Liguria 11.150235 11.150235 15.579418
Lombardia 20.745328 20.745328 21.215017
Marche 8.552092 8.552092 11.392317
Molise 6.345476 6.345476 9.248980
P.A. Bolzano 71.707317 71.707317 63.856199
P.A. Trento 85.802469 85.802469 NaN
Piemonte 15.760728 15.760728 19.782513
Puglia 27.995169 27.995169 28.380363
Sardegna 6.670784 6.670784 8.713913
Sicilia 24.229578 24.229578 27.023657
Toscana 8.234201 8.234201 10.246362
Umbria 21.776730 21.776730 20.176767
Valle d'Aosta 13.861386 13.861386 21.690976
Veneto 37.729039 37.729039 43.930131

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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